پیروان آقای احمد مفتیزاده عملاً و از لحاظ عقیدتی به چند دسته انشعاب یافتەاند که در برخی از عقاید و گاهاً کلی دچار اختلاف شدەاند.
 
همانطور که قبلاً اشاره کرده بودیم آقای قریشی رهبریِ شاخه افراطی مکتب قرآن را بر عهده دارد. دسته دیگر از مکتب قرآن را آقای امینی رهبری می‌کند. این دسته از مکتب قرآن نسبت به شاخە افراطی در قالب اعتدال و همواره غلو در مورد آقای مفتیزاده را از جانب پیروان قریشی مورد انتقاد قرار می‌دهد. همچنان که آقای امینی در برنامه‌ای در یکی از کانال‌های ماهواره‌ای، شخصاً سخنان احمد مفتیزاده را به یاد آورد که گفته بود در مورد ایشان غلو نکنند.
 
دستۀ سوم ضمن اینکه برای احمد مفتیزاده احترام قائل هستند تا این لحظه خود را از مسائل تنش آلود کنار کشیده و چهره‌ای اجتماعی از خود نشان داده‌اند. این دسته از افراد مکتب قرآن نیز مخالف غلو در مورد احمد مفتیزاده و تغییرات در احکام الهی و شرع اسلام می‌باشند . هرچند این دسته از افرادِ پیرو احمد مفتیزاده راه خود را از افراطیون مکتبی جدا نموده اند اما تا این لحظه رهبری را برای خود منتخب ننموده و اعلام موجودیت ننموده‌اند و به نظر نمی‌رسد مایل به اینکار باشند. دستە‌ای دیگر از پیروان مکتب قرآن کە اخیراً از شاخه افراطی مکتب انشعاب یافته‌‌اند معترض به سرکوب، انحرافات و تمامیت‌خواھی آقای قریشی ھستند. این دستە متشکل از افراد تحصیل‌کردە‌ و بە نسبت آگاە‌تر ھستند.
 
اما اهدافی را که شاخۀ افراطی دنبال می‌کنند بارانی از انتقادات را به دنبال داشته است. اهداف و اعمال این شاخه از مکتب قرآن باعث شده که مردم و سایر افکار دینی آقای احمد مفتیزاده را تکفیر کنند. اشاره کرده بودیم که مال‌اندوزی و تقدیس آقای مفتیزاده از اهداف اصلی این شاخه از مکتب قرآن می‌باشد.
 
سعی نموده‌اند با استفاده از تحریک احساسات و عواطف اعضا، از آقای احمد مفتیزاده یک شخصیت کاریزماتیک و روئیایی بسازند چنانچه که ادعا می‌کنند طی هزاران سال نخواهیم توانست ایشان را بشناسیم !
 
شورای مدیریت مکتب قرآن اردوهای تفریحی، تجمعات و کلاس‌های شاگردانش را به گونه‌ای فشرده و هوشمندانه طراحی نموده است که کمتر وقتی برای ارتباط با جامعه برایشان باقی می‌ماند. طراحان این برنامه‌ھا سعی نموده‌اند شاگردان مکتب قرآن مدام درگیر مهمانی‌های درون‌مکتبی، سفرهای تفریحی یک الی چند روزه و کلاس‌های توجیهی و آموزشی باشند تا ذهن شاگردان تنها درگیر آقای مفتیزاده و آموخته‌هایشان باشد و این آموزش‌ها آنقدر تکرار می‌شود تا (به گفته خودشان) بر قلبشان حک شود.
 
این روابط درون‌گروهی باعث شده در طول روز دهها بار نام احمد مفتیزاده را شنیده و بر زبان بیاورند تا جاییکه احمدمفتیزاده تمام زندگیشان می‌شود و بدون آنکه خود متوجه شوند یا دلیلش را بدانند در مورد وی غلو کردە و صفاتی بالاتر از انسان را برای وی بکار می‌برند.
 
در ادامه سیاست‌های بزرگ جلوه دادن رهبرشان، شاخه آقای قریشی طی نامه‌ای به راشدالغنوشی (رهبر جنبش اسلامی النهضه تونس) سعی نموده است احمد مفتیزاده را نماینده و رهبر مسلمانان اهل سنت کشور ایران معرفی نمایند.
 
در اردیبهشت ماه سال جاری طی یک نامه در پنج صفحه و دوازده بند، پس از آنکه به مشکلات اهل تسنن اشاره نموده است در بند سوم اینگونه نوشته‌اند:
 
3- آیا می دانید بیش از 100 نفر از علمای اهل سنت ایران به شهادت رسیده‌اند ؟!! در میان این شهدای گرانقدر می‌توان به: دکتر احمد صیاد – استاد بهمن شکوری – شیخ محمد صالح ضیائی – شیخ عبدالوهاب خافی – شیخ قدرت الله اللهیاری – مولوی عبدالملک ملازاده – مولوی یارمحمد کهرازهی – شیخ نورالدین غریبی – دکتر علی مظفریان - دکتر شیخ عبدالعزیز کاظمی – ناصر سبحانی – ملا محمد ربیعی و همچنین علامه احمد مفتیزاده رهبر اهل تسنن ایران در جریان انقلاب 1979 اشاره کرد. خودتان هم با علامه مفتی‌زاده ملاقاتی داشته‌اید و از حالات معنوی منحصر به فرد آن دیدار، در مصاحبه‌ای یاد کرده اید.
 
در بندی دیگر از همین نامه، نویسنده یا نویسندگان که خود را "کردستان بیدار" نامیده سخنانی دیگر را از آقای مفتیزاده نقل قول نموده‌اند. اما همچنان که ملاحضه می‌کنید پیروان آقای مفتیزاده شاخۀ قریشی ادعا می‌کنند آقای احمد مفتیزاده رهبر اهل سنت ایران می‌باشد !
 
طبق گفته‌های نزدیک ترین افراد از اطرافیانش، آقای قریشی نیز بر این باور است که آقای احمد مفتیزاده از حضرت علی--رض و حضرت عمر-رض نیز بزرگتر است و این گفته را با افتخار در یک جمع خصوصی که در کنار بخاری نشسته بوده بیان نموده است.
 
شاید اگر پیروان آقای مفتیزاده اینگونه در مورد ایشان بزرگ نمایی و غلو نمی‌کردند اکنون سالها پس از از مرگش، به نقد افکار و نظراتش نمی‌پرداختیم. تاریخ اثبات نموده که اینگونه قهرمان‌سازی و توهم و اختراع یک رهبر کاریزماتیک به نام احمد مفتیزاده، هرچه بیشتر باعث نا امیدی و بدنام نمودن بیشتر آن مرحوم می‌شود. در کنار این تقدیس کردن‌ھا، سعی نموده‌اند اشتباهات و خطاهای آقای مفتیزاده را از سایر اعضای مکتب قرآن پنهان کنند.
 
جالب اینجاست در میان اسامی سیزده نفری که در نامۀ مذکور آورده شده برخلاف سایرین، تنها نظرات و عقاید آقای مفتیآزاده با اهل سنت و جماعت دنیای اسلام در تضاد است.
 
کم نیست ادعای اینکه آقای احمد مفتیزاده رهبر مسلمانا اهل سنت "نه کردستان" بلکه تمام "ایران" می‌باشد. آقای مفتیزاده که هیچ تجربه‌ای از سیاست نداشت سعی می‌کرد با نزدیک نمودن خود به رهبران سیاسی و دینی آنموقع ایران و مراجعه مکرر نزد آنان خود را همچون رهبری دینی بر مردم کردستان تحمیل و جا بیاندازد. از لحاظ دینی نیز اعتقاداتی داشتند که بر خلاف اعتقادات اهل سنت و جماعت بود.
 
 آیا اهل تسنن ایران فردی را رهبر دینی خود می‌دانند که ادعا می‌کند در این کرۀ خاکی کافر وجود ندارد ؟ فردی را رهبر خود می دانند که سنت های پیامبر-ص را بجا نیاورده و به جز تعدادی انگشت‌شمار از احادیث پیامبر-ص بقیه را رد می‌کند؟ فردی را رهبر خود می‌دانند که تا کنون هیچ مسلمانی بجز آقای مفتیزاده عقایدی اینچنین نداشته‌اند؟ آشکار است مکتبیون با این ایدئولوژی در صدد ھستند آقای مفتی‌زاده را بر اهل سنت ایران تحمیل کنند.
 
با وجود اینکه افرادی شایسته تر و محبوبتر در میان اهل سنت ایران زندگی کرده اند که نه خود و نه شاگردانش ادعای رهبری مسلمانان ایران را نداشته اند . پس هم برای آنمرحوم و هم برای پیروانش خودبزرگ بینی خواهد بود که چنین ادعایی داشته باشند .
 
آیا فردی می‌تواند رهبر مسلمانان کشور ایران باشد در حالیکه تنها درصدی از جامعه آنهم با اختلافاتی درون گروهی وی را پیروی می‌کنند؟ فردی که هنوز بخش عظیمی از مردم یا اسمش را نشنیده‌اند یا اعمال خود و پیروانش باعث شده که وی را به نیکی یاد نکنند. مکتب قرآن، احمد مفتیزاده را رهبر مسلمانان ایران می‌داند در حالیکه اهل تسنن بلوچستان و غیر مکتبیهای کردستان نیز ، در همان مقدمه از عقایدش وی را رد و یا تکفیر می‌کنند. اکنون با نامه نوشتن به رهبران حرکتهای دینیِ سایر کشورهای اسلامی سعی در بزرگ جلوه دادن ایشان دارند بدون در نظر گرفتن عواقبی که می‌تواند تخریب شخصیتی وی را تسریع بخشد.
 
آیا اگر پیروان آقای مفتیزاده اینگونه سعی در بزرگ نمودن کاذب رتبه ایشان نداشتند، وی شخصیتی محبوب‌تر نداشت؟
 
آنچه بیشتر خود نمایی می‌کند تعلق خاطر مکتبیون به آقای مفتی‌زاه است نه به دین. ما مسلمانان باید آگاه باشیم که معیار برتری انسان تقوای اوست آنهم نزد خداوند نه در نزد بندگانش. خداوند در قرآن کریم خطاب به مسلمانانی که رسول خداوند را تقدیس می‌کردند می‌فرمایند:
 
قُلْ إِنَّمَا أَنَا بَشَرٌ مِثْلُكُمْ يُوحَى إِلَيَّ أَنَّمَا إِلَهُكُمْ إِلَهٌ وَاحِدٌ فَمَنْ كَانَ يَرْجُو لِقَاءَ رَبِّهِ فَلْيَعْمَلْ عَمَلا صَالِحًا وَلا يُشْرِكْ بِعِبَادَةِ رَبِّهِ أَحَدًا (الکهف١١٠)
 
شما ای محمّد بگو من هم مثل شما یک بشر هستم اما وحی بر من نازل می‌شود که خدای شما فقط الله است لذا هرکسی ملاقات خدا می‌طلبد عمل صالح انجام دهد که فقط برای خدا باشد و شرک و شریک در این عمل نباشد‌.