مسجد خانه ی خدا و جای عبادت مسلمانان بوده و می باشد . پیامبر اکرم(ص) نیز در قید حیات خود چندین مسجد را بنا نمودند و با دستان مبارک خود ، سنگ مساجدی را نیز بنا نهاده اند . مسلمانان نمازهای پنجگانه ی خود را بصورت جماعت در مساجد برگزار می نمایند . مساجد مکان عبادت خداوند ، نمازهای عید ، برگزاری مراسم ختم ،جمع شدن مسلمانان به دور یکدیگر و مراسمات دینی نیز می باشد . بسیاری از بزرگان دین اسلام در مساجد علم خود را آموخته و بعدها خدماتی بس بزرگ به خلق و در راه دین خدا نموده اند  و از قدیم الأیام مساجد مکان گرد هم آمدن مسلمانانی با عقاید و افکار گوناگون بوده و افراد با هرگونه افکاری با صلح و صفا در کنار هم به عبادت خدا پرداخته اند .

أتی رسول الله صلی الله علیه و اله وسلم - رجل اعمی ، فقال یا رسول الله ، انه لیس لی قائد یقودني الی المسجد . فسأل رسول الله صلی الله علیه واله و سلم - أن یرخص له ، فرخص له ، فلما ولی دعاه فقال هل تسمع انداء - بالصلا‌ة - قال نعم ، قال فأجب . رواه مسلم تعریف می کند : مردی نابینا پیش پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله وسلم آمد و گفت ای پیامبر خدا کسی نیست که دستم را گرفته و به مسجد بیاورد و از پیامبر خدا خواست که اجازه بدهد برای نماز جماعت به مسجد نیاید ، پیامبر اجازه داد ، وقتی مرد نابینا پشت به پیامبر اکرم صلی الله علیه و اله وسلم کرد و خواست برود ، صدایش کرد و فرمود آیا اذان را برای نماز می شنوی ؟ گفت بله ، فرمود پس جواب اذان را بده - یعنی برای نماز جماعت در مسجد حاضر باش . 

اما اکنون یک حرکت دینی به نام مکتب قرآن بر خلاف سایر افکار و حرکت ها در صدد پیشی گرفتن در دین اسلام از سایرین آنهم به روش خود می باشد . مکتب قرآن یک حرکت ایدئولوژی ک می باشد به این دلیل که هر فرد یا گروه و حرکتی مانند آنها فکر و عملل ننماید را به شدت رد کرده و به هر فرد یا حرکتی دیگر که نقدشان کند یورش برده و با تهمت زدن به منتقدان خود در صدد خفه کردن هرگونه نقدی بر علیه خود می باشند .  

حضور اعضای مکتب قرآن در مساجد بسیار کمرنگ می باشد . اگر دقت کرده باشید اعضای مکتب قرآن تمایلی برای حضور در مساجد نداشته و نماز را در منازل خود می خوانند .اکثر اعضای مکتب قرآن بطور دسته جمعی در منازل خود نماز می خوانند و با خانه ی خدا غریب هستند . گاهاً مکتب قرآن در راستای تسلط بر مساجد با برخی از عقاید دیگر درگیری هایی داشته است . بعنوان مثال در یکی از روستاهای اطراف سنندج با یکی دیگر از حرکت های دینی به زد و خورد پرداخته اند و یا در یکی از مساجد شهرستان سقز مکتب قرآن و سلفی ها چندیدن سال است که درگیر هستند و این درگیری های گاهاً با دخالت معتمدان محل به پایان رسیده است . 

 يَاأَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُوا إِذَا نُودِي لِلصَّلَاةِ مِنْ يَوْمِ الْجُمُعَةِ فَاسْعَوْا إِلَى ذِكْرِ اللَّهِ وَذَرُوا الْبَيْعَ ذَلِكُمْ خَيْرٌ لَكُمْ إِنْ كُنتُمْ تَعْلَمُونَ . سوره الجمعه آیه (9)  اى كسانى كه ايمان آورده‏ايد! هنگامى كه براى نماز روز جمعه اذان گفته شود، به سوى ذكر خدا بشتابيد و خريد و فروش را رها كنيد كه اين براى شما بهتر است اگر مى‏دانستيد! سوره جمعه آیه (9)

هر چند که در دین اسلام هر مسلمانی موظف است که در نماز جماعت جمعه حضور یابد اما مکتب قرآن به دلیل های واهی به نماز جمعه نرفته و ترجیح می دهند در خانه های خود نماز جمعه ی  خود را اداء  کنند . دلیل این امر را نالایقی علمای برگزار کننده ی نماز روز جمعه می دانند . مکتب قرآن اظهار می دارد اگر تا چند کیلومتری محل سکونت خود نماز روز جمعه توسط عالمی لایق برگزار نشود دیگر از حالت فرض خارج می شود و لزومی ندارد به مسجد برویم . اما لازم به ذکر است که در زمان پیامبر اکرم(ص) شهرها از هم فاصله ی زیاد داشتند و اگر هم فاصله کمتر بود وسیله ی  نقلیه همچون الان وجود نداشت تا در صورت عدم لیاقت عالمی در نزدیکترین مسجد ، به روستا یا شهری دیگر جهت ادای نماز جماعت جمعه رجوع کرد . اما اکنون ما در مقطعی از زمان زندگی می کنیم که به آسانی می توان در مدت زمانی کم از شهری به شهر یا روستایی دیگر رفته و نماز جمعه ی خود را بصورت جماعت برگزار نمود . پس می توان به این نتیجه رسید که عدم حضور مکتبین در مساجد همان دلایلی نیست که مطرح می کنند بلکه دلایل را در موارد ذیل می توان جستجو نمود :  

1 : حضور علما در مساجد . مکتب قرآن بر سر عادت دشمن قسم خورده ی علما نیز (همچون سایر شخصیت های دینی دیگر که موحد هستند) می باشد . دلیل آن را هم می توان در طعنه های احمد مفتیزاده (رهبر متوفی مکتب قرآن) در سخنان  قبل از مرگش جستجو نمود . اگر از نزدیک فردی مکتبی را می شناسید از وی سوالی در مورد علما بپرسید . بی گمان جواب سوال شما همان طعنه زدنهای تقلیدی و اهانت هایی می باشد که در کلاسهایشان می آموزند .  

2 : عدم تسلط مکتب قرآن بر مساجد . سران مکتب قرآن جدای ثروت ، یارگیری و قدرت ، تشنه ی تسلط بر مکان و بناهایی همچون خانه خدا "مسجد"  نیز می باشند که تاکنون در تسلط کامل مساجد موفق نبوده اند .