بارها این موضوع کە احمد مفتی‌زادە چە راهبردی را دنبال ‌کردە و آیا او چە اندازە بە نظام نزدیک بود مباحثی بە میان آورده و پیروانش از وی در برابر هر نقدی بەشدت مقاوت کردەاند. روشن است احمد مفتی‌زادە در میان رجال دینی و سیاسی کردستان تنها کسی بود کە میانۀ گرمی با رهبران سیاسی و لشگری دولت وقت داشت و بە همان میزان مصونیتی کە در نتیجۀ خدمت بە نظام کسب کردە بود مسئولین و عملکردهای دولت را مورد نقد قرار می‌داد.

آقای مفتی‌زادە هرجا با اعترضات مردم شهر و روستاها مواجە می‌شد برای آرام کردنِ مردم دستانش را چند بار روی جیبش می‌زد و می‌گفت: نامۀ خودمختاری کردستان در جیبم است! این جملۀ معروفِ مفتی‌زادە حاصل وعدەهایی بود کە تهران بە وی داد تا بدینوسیلە کمکی شود برای سپری شدن دوران گذار ملتهب کردستان با کمترین هزینەها. واکنشِ شدید مفتی‌زادە بە عملکردهای دولتِ وقت زمانی شدّت گرفت کە متوجە شد تلاش‌هایش برای تمامیت‌‌خواهی‌ و کسب قدرت بیشتر شکست خورده و بویژه آنزمان کە متوجە شد وعدەهای تهران (مبنی بر دادن خودمختاری کردستان آنهم بە رهبری مفتیزادە!) سرابی بیش نبودە است. نتیجۀ این اعتراضات آتشینِ مفتی‌زادە هم چیزی نبود جز سر در آوردن از زندان.

اسناد زیادی از رفتار سیاسی و دینی آقای مفتی‌زادە از آن دوران بەجا ماندەاند کە نشان از دشمنی وی با سایر بازیگران در کردستان دارد و این رفتارهای ستیزەجویانە حاصل رقابت و تلاش برای پیشی گرفتن از شخصیت‌های دینی (همچون شیخ عزالدین حسینی) و احزاب در کردستان بود. در همان اثنا که احزاب کردستان در داخل شهرها حضور داشتند و جنگ‌هایی خونین سراسر کردستان را فرا گرفتە بود آقای مفتی‌زادە در صدد ایفای نقش هرچە بیشتر بود اما توان رقابت جنگ مسلحانە را با احزاب کورد نداشت پس راە نزدیک شدن بە دولت را در پیش گرفت؛ در آن زمان کە نیروهای مسلح کردستان برخی مناطق کردستان را کنترل کردە بودند آقای مفتی‌زادە از دولت و مسئولین نظامی درخواست فشنگ بیشتری می‌کند تا بە قول خودش ضدانقلاب را شکست دهد.

احمد مفتی‌زادە در یکی از کتابهایش بە صراحت اینچنین می‌گوید: "از جملۀ این کارشکنی‌ها این بود کە برادران ما بە قصد حفظ جادەها و شهرها از خطرات ضد انقلاب بە فشنگ احتیاج پیدا کردند؛ در صورتیکە هیأت‌های خلع سلاح متعلق بە ما، متجاوز از صدها قبضە اسلحە و مقادیر بسیاری فشنگ ر اتحویل پادگان‌ها دادە بودند، اما از دادن فشنگ بە ما خودداری شد و در عوض، بە مسلح کردن فئودال‌های مسلمان و خلقی پرداختند" (کتاب دربارە کردستان صفحە76). آقای مفتی‌زادە در صفحۀ بعد همان کتاب مجدداً معترف می‌شود کە: با وجودی‌کە تمام راەها و مناطق حساس را کنترل می‌کردیم از دادن فشنگ بە ما خودداری می‌کردند.

همچنان کە آقای مفتی‌زادە بە نظام یادآوری کردە کە در پاسخ بە آنکە هیأت‌های خلع سلاح متعلق بە مکتب‌قرآن، متجاوز از صدها قبضە اسلحە و مقادیر بسیاری فشنگ را تحویل پادگان‌ها دادە‌اند اما دولت از دادن فشنگ بە آنان خودداری کردە است. سوای آنکە آقای مفتی‌زادە و یارانش همچون بازویی کارا برای دولت در کردستان ایفای نقش می‌کردند اما دولت اجازۀ قدرت‌گیری بیش از اندازە را بە آنان نمی‌داد و مرزی برای قدرت گرفتنشان تعیین کردە بود. حتی نقش مؤثر آقای مفتی‌زادە در پروسۀ قیادە موقت (عملیاتی نظامی توسط بارزانی‌ها برای بیرون راندن احزاب کردستان) نیز نتوانست اطمینان کامل دولت را نسبت بە مکتب‌قرآن جلب کند چراکە از ماهیت تمامیّت‌خواهی رهبرش مطلع بود. او کە همچون یک مسئول حکومتیِ کردستان در نظام جایگاهی کسب کردە بود، چنانچە در همان چهارچوب معیّن بە فعالیت ادامە می‌داد مسلماً سر از زندان در نمی‌آورد.

کمک آقای مفتی‌زادە بە تشکیل سازمان پیشمرگان مسلمان و همچنین درخواست فشنگ بیشتر برای جنگ با سایر احزاب کورد بخشی انکار ناپذیر از تاریخ رفتارهای سیاسی مفتی‌زادە است کە پیروانیش آنرا انکار می‌کنند؛ پیروانش حتی اسناد و کتبی کە منعکس کنندۀ این واقعیات هستند را بازنشر نمی‌کنند تا مبادا خلاف ادعاهایشان اثبات شود. طی دو دهۀ اخیر کە شرایط مناسبی برای فعالیت گستردۀ مکتب قرآن در کردستان فراهم شده، این گروه منتقدانش را بارها مورد هجمۀ تهمت و افترا و یا بە باد کتک و ضرب و شتم قرار دادە است؛ چنین پیشینەای مُثبت این واقعیت است کە مکتب قرآن صلح‌طلب نیست و اگر شرایط اقتضا کند، جهت رسیدن بە مقاصدشان مجدداً برضد کردها دست بە سلاح‌ خواهند برد.